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En general, las foces son espacios de especial relevancia desde el punto de vista ornitológico, ya que sus características físicas “no aptas para cualquiera” acogen a una comunidad de aves especializada (rupícolas) y variada. 

Entre las especies más representativas cabe destacar el buitre leonado, ya que en estos enclaves asienta algunas de las colonias reproductoras más numerosas de la península y de Europa (en torno a 250 parejas reproductoras en la Foz de Arbaiun). 

Por otro lado, las foces son también espacios frecuentados por especies de gran interés debido a su estado de conservación más delicado, o a su menor abundancia. Es el caso el alimoche (en época reproductora), el quebrantahuesos, el roquero solitario o los treparriscos

Se suman a esta comunidad halcón peregrino, búho real, águila calzada, águila culebrera, águila real, chovas, milanos, aviones roqueros, y otras especies más propias de zonas boscosas y de riberas de río, como el pito negro, el azor, el gavilán, el cárabo, el martín pescador, o las garzas, entre otras muchas especies.

Esta riqueza ornítica hace de la zona un destino de especial interés para turistas ornitológicos. Es por ello que las foces de Lumbier y Arbaiun, que están dotadas de infraestructuras para la visita, están consideradas como una de las zonas de interés en Birding Navarra (producto del Departamento de Turismo de Gobierno de Navarra).

Entre los mamíferos también abunda la diversidad: tejón, jabalí, zorro, corzo, gato montés, garduña, gineta, o la nutria, que se ha dejado ver en algunas ocasiones y es habitual encontrar sus rastros en las orillas de los ríos que atraviesan las foces. Desmán pirenaico y visón europeo son también especies que se cree que podrían encontrarse en estos espacios, especialmente en los menos accesibles. 

También relacionado con la singularidad estructural de los roquedos, las foces son también espacio habitual para algunas especies de murciélagos. Otras especies animales de interés son el tritón pirenaico, la culebra de esculapio, el cangrejo de río autóctono, el ciervo volante, o la libélula Gomphus graslini.